饶毅在学院中建立了多个教授委员会，让教授们参与管理学院工作，从本科生和研究生教育，到空间、仪器管理。而本科生和研究生也派代表参与自己的教育委员会。另外，还设立了常规学术报告制度，固定每周五请国际上学术出色的科学家报告研究进展。
饶毅构建的科研、教学框架一步步成形。“有了好的体制和资源条件，之后，就是在这个框架下继续把事情做好。”为此，饶毅也十分感谢那些支持他改革的北大校内外的力量。
宁可不要“廉价的掌声”
饶毅积极推动合作，协同各方力量一起推进学科建设。在他的蓝图中，搭建起科研、教学的牢固框架，需要处理好学院内部、学院之间、学院与外校等各方关系。
2011年4月，北京大学—清华大学生命科学联合中心成立，成为跨越两校多个院系、相对独立的研究和教育实体。联合中心并未囿于两校的生命科学学院自身，而是向所有与生命科学学科相关的院系开放。以北大为例，第一批通过中心选拔聘用的研究人员，就有多位来自化学学院、医学部和心理学系等多个院系。
既然是改革，就难免会触动各种利益。都说“肥水不流外人田”，可饶毅却在争取来大量经费后，联合、支持其他相关院系一起做事。对此，本学院的老师自然会有些意见。
“经费的使用，不能是分红利。”饶毅的理由是，国家和学校提供支持，目的在于作出最好的科研和教学，而不是“拿着钱去给大家平摊”。“凡是好好工作的老师，无论是研究突出、教学优秀，还是技术和行政服务做得好，都会得到支持和鼓励。但是不能平分钱，平分是浪费国家的钱，是慷国家之慨为个人得掌声。”他斩钉截铁地说。
饶毅深知，经费支持大幅提升的情况下若按老规矩办事，大家都能分享到一些利益，也就能赢得更多的掌声。然而在他看来，“这种掌声是很廉价的”，宁可不要。
经过几年的工作，北京大学生命科学作为后期的入围单位，参与国家蛋白质科学基础设施——北京基地（凤凰工程）的项目建设。其他还有军事医学科学院、清华大学和中科院生物物理所。
此消息一出，立即有人批评饶毅和施一公，认为他们违背了自己先前对大科学的反对态度。
“这是一种误解。”饶毅说，他和施一公带领北大、清华的教授参与“凤凰工程”，是将其中的经费与技术平台用于与生命科学适合的“小科学”模式， “而不是把它做成大科学”。
外界对饶毅和施一公的另一种批评是，两校的“生命科学联合中心”没有同行评议。
饶毅说，这种批评也是因为外界不了解情况。中心的组建，缘于国家主管部门觉得近年经费投入后效果有限，希望通过试点带动进一步改革，“拿我们作为试点先走半步，然后国家走大步”。教育部主持的2011计划，部分模式就是依据两校生命科学联合中心的理念和机制。所以，试点会较快推广到更多学校、更多学科。
心系学子
2009年，饶毅当选北大“十佳教师”，这是他多方面为研究生和本科生教学水平提升所作努力的侧面反映。
饶毅刚回国的时候，看到国内研究生收入较低，有些甚至低于北京市贫困线，于是他发起海内外50多位教授联合写信给温家宝总理，建议提高研究生津贴。在国家经费到达之前，他先自己想办法给生科院的研究生提高了津贴。
研究生轮转制是国际上生命科学研究生训练的常规，在国内开展却有很大阻力。饶毅联合清华和北京生命科学研究所建立新的PTN计划，录取的研究生由三个单位的老师进行教学，学生可以在三个单位中自由选择轮转，找到合适的导师。对此，有学生评价说，能在三个单位自由选择、获得教学资源，“肯定是全国最好的研究生计划”。经过几年努力，在取得学院老师支持后，饶毅也终于取消了生科院研究生毕业的SCI点数要求。
在饶毅的申请下，学校同意北大生科院的本科生可以实施个体化教学，根据每个学生的能力和需求，跨院系开课。
他亲自联系，每年夏天将四五十位本科生送到美国、法国、英国、新加坡、中国香港的实验室，作暑期研究。经费主要是国外出。这一举措让本科生能够看到世界上的科学家为什么作研究，怎么作研究。实习结束后回校总结经历，激励低年级的学生。
饶毅到北大后，曾经对四个年级的本科生和部分毕业生进行调查，了解他们对课程的意见，在此基础上，改变部分设置，增加了一些新课程，改进讲课方式，着眼于培养学生的创造力和使学生形成交叉学科教育背景。饶毅自己则参与了4门本科生课程的教学。
饶毅认为：“本科生教育改革，工程较大，还有很多工作要做，不过其作用可能很大。我比较了我女儿在国外大学的教育，可以看到我们有可能比国外一流大学的本科教育做得还好，但前提是，我们的老师要非常积极，学生要主动。”
“夹着尾巴就不叫做人了”
在采访中，饶毅开玩笑说，外界对自己有一种更为简单的误解，认为他“一天到晚只是写博客，似乎不做别的事情。”
在饶毅的个人博客里，对科研体制、学术环境、社会文化等问题的探讨占据不少篇幅。做这些“分外之事”，在饶毅看来只是出于个人兴趣爱好。外界也不难看出，他事实上是在积极倡导学术风气的转变。
“我很担心的是，国家的科研经费增加了这么多，不改革就会产生浪费。”饶毅对当前的科研经费分配体系一直充满忧虑。他希望有更多的人能够参与整个科教界的改革，形成良好的研究教学环境。
“很多人并非不知道应该如何改革，只是害怕阻力而不肯做，也怕别人不鼓掌。”饶毅说他满眼看到的都是这些问题，也因此而感到很“纠结”。
饶毅认为，改革动力的缺乏，与中国社会的文化性格有直接的关系。一种善于处理各方关系的“做人文化”，始终走在竭尽全力做好事情的“做事文化”之前。
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